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河姆渡遗址的地层堆积和文化命名
人类在长期居住或活动过程中遗留下来的各种物质的堆积叫文化层。而考古学文化的含义，则是代表同一时代的、集中于一定地域内的、有一定地方性特征的遗迹和遗物的共同体。一个遗址至少包含一个文化层，也可能叠压着多个文化层。当原始人群选定某个地方居住下来以后，可能因为水灾、火灾吞噬了他们的家园，出于恐惧，便扶老携幼迁往它处，开辟新的家园。也可能居住久了，由于过度的渔猎、采集，原先丰富的食物资原变得贫乏了，人们不得不放弃这块土地，再去寻找理想的乐园。他们离开后，雨打尘封，荒芜的村子被埋入地下，形成一个文化层。几十、几百年后，根据上辈口头流传下来的故事，后代子孙又来这里巡游，经过休养生息，这里水丰鱼肥，鹿鸣猿啼，又恢复了曾经有过的优越环境，于是再次定居下来。当然也可能来的是另一个氏族，他们的遗弃物便成了新的文化层。
河姆渡遗址文化堆积厚度4米左右，自下而上叠压四个文化层，文化内涵十分丰富。它犹如一部资料详实、内容全面的史书，逐章、逐节、逐个时代地记载着河姆渡这块古老的土地上，在遥远的年代里曾经发生过的一切。
在遗址的考古发掘现场，考古工作者根据地层的土质、土色，各地层的上下叠压关系，出土文物的器形特点以及长期积累的实践经验，可以初步推断每个层位的大概年代。河姆渡遗址两次考古发掘，清楚地揭示了该遗址的地层堆积情况，自上而下分别为:
耕土层，为土质松软的灰黑色土，厚10～98厘米。
冲积层，为土质纯净的黄褐色土，厚O～100厘米。
第一文化层，为土质坚硬的黄褐色灰土，厚O～106厘米。发现11座墓葬、3个灰坑和坩锅状柱础，主要出土文物有石器和陶器两大类。石器有斧、锛、凿、钺等。陶器按质料分有夹砂红灰陶、泥质红陶、泥质灰陶等陶系。主要器形有釜、鼎、盉、甑、罐、豆、盆、盘、钵、杯、支脚等。在文化层的底部还发现大量呈颗粒状的红烧土块。
第二文化层，又可分为两个小层，每层堆积都比较薄。
第一层，为土质坚硬的黄绿色土，厚O～30厘米。由西向东逐渐减薄，出土陶片甚少。按质料分，夹砂红陶居多，少量夹炭红衣陶和泥质黑陶。器形主要有釜、鼎、豆、罐、盆和支脚等。
第二层，为青灰色粘土。发现墓葬3座，还有零星柱洞、垫板，灰坑6个。第一次考古发掘时，还发现木构水井一座。出土的陶系有夹砂灰陶、夹炭灰陶和泥质黑陶等。主要器形有釜、鼎、豆、罐、盆等，另外还发现陶盉、异形鬹、石锛、石刀、石蝶形器、骨耜、木耜等。
第三文化层，又可分为3个小层。
第一层，为黑色粘土，堆积较薄，厚O～50厘米。出土遗物有石、骨、木器。陶系有夹砂灰陶、夹砂红陶、泥质红陶和泥质灰陶，几乎没有完整器和复原器，可辨器形仅有釜、豆、罐。
第二层，为土质松软的砂质灰土，堆积厚度10～30厘米。发现有木柱、木板、木桩及木桩板等木构房屋建筑构件，灰坑7个，墓葬7座。出土遗物丰富，石、骨、木、陶器均有。陶系以夹砂灰陶为主，还有夹炭黑陶和泥质红陶。主要器形有釜、罐、钵、豆、盆、盘、灶、甑、器盖、釜支架、小陶器、纺轮和陶塑制品。特别引人注目的是发现象牙蝶形器和木胎漆碗。
第三层，为土质略硬的绿色砂土，厚O～60厘米。除发现2个灰坑外，其它遗迹、遗物发现甚少。
第四文化层，为河姆渡遗址的主要堆积层，堆积最厚，内涵也最丰富，遗迹、遗物的保存状况也最良好，它又可分2个小层。
第一层，为土质松软的黑褐色土，厚42～106厘米。发现大面积稻谷、谷壳、稻杆、稻叶及木屑等组成的稻谷堆积层，发现大片干栏式木构建筑遗迹，灰坑5个，婴儿骨架2具，还有不胜细数的动物骨骸和大量保存器新鲜的橡子、菱角、酸枣等植物果实，还发现大大小小的苇编。出土的遗物很多，有石、木、骨、陶器等。陶器以夹炭黑陶为主，夹砂黑陶次之。石器以小型石斧、石锛为多见。骨器以骨耜、骨哨为典型。
第二层，为土质松散的灰褐色土，厚16～90厘米。发现鳞次栉比的木排桩和地龙骨，大部分出土物与上层雷同。还新发现了彩陶片，有藤条捆扎木柄的骨耜和木筒等。
生土层，为浅蓝色海相亚粘土沉积层，含有海洋性微生物化石。
河姆渡遗址发掘以后，考古专家以及广大考古工作者面对如此丰富的出土文物惊喜不已，然而对于遗址的年代，大家却意见不一，特别是第三、四两个文化层，揭示的是一种完全新颖的文化类型，在浙江省其它新石器时代遗址中未曾遇见。
为了全面认识河姆渡遗址的文化内涵，浙江省文化厅于1976年4月5日至12日，邀请来自全国的文物、考古、历史、农史、古动物、植物、地质、水文和古建筑专家、学者30多人，在杭州举行“河姆渡遗址第一期发掘工作座谈会”，并前往河姆渡实地考察。与会者一致认为河姆渡遗址四个文化层叠压关系清楚，每层遗迹各有特色，特别是第二文化层出土的文物同分布在钱塘江北岸杭嘉湖地区当时最早的马家滨文化面貌接近，所以叠压在这层之下的第三、第四文化层便成为长江下游最早的全新的文化类型，距今约有6000～7000年之久。但是也有学者认为，6000～7000年前的南方不可能有如此先进的生产力水平，遗址出土的彩绘陶片应相当于庙底沟二期(距今约4800年)，也就是说河姆渡遗址的年代应在距今5000年左右。为了搞清它的实际年代，浙江省考古部门便将有关标本送到中国科学院考古研究所实验室和北京大学考古实验室，进行碳-14年代测定。用碳-14法测定地层的年代是考古学上的一项新技术，我国在70年代才引进。其测定原理是，一切有生命的物体都含有碳元素，当其活着的时候，碳元素始终保持一定的数量，其死后，碳元素失去补充的来源，遂慢慢减少，其半衰期为5730年。所以只要测出有关地层中出土的含碳物体如木构件、稻谷、动物骨骸中碳元素含量，便可以计算出它死亡的年代，从而推断出它所在的文化层的绝对年代。在送去的30多个标本中，其中第四文化层共测定9个标本，最远的数据是6950年，最近的是6570年，平均值为6770年，上限已达7000年。第三文化层测定标本4个，年代平均值为6141年。第二文化层距今约5730年，第一文化层距今约5000年前后，共延续2000年之久。
面对如此久远的年代数据，人们不禁要问，这么多的稻谷、稻叶、木构件以及动植物遗存等有机质，为什么在地下埋了这么多年，仍能保持它原有的形态和色泽呢?究竟是什么原因使得它们历经几千年而不腐朽呢?原来，遗址所在的姚东平原地势低洼，平均海拔不足5米，到河姆渡附近只有2米左右，地下水位高，遗址文化层被长期浸泡在水里。同时遗址与姚江紧临，姚江正常水位也在文化层之上，这些原因使得遗物与外界空气隔绝，起到了良好的密封作用。另据专家研究，河姆渡遗址的土质与水质皆呈弱酸性，非常有利于有机质的保存。
河姆渡遗址发现和发掘之初，从遗址的年代数据和完全新颖的文化面貌看，绝对早于浙江省境内其它新石器时代的遗址，被学术界命名为河姆渡文化。但是一部分专家仍坚持认为，河姆渡遗址上面两个文化层与下面两个文化层之间有明显的缺环。其第一文化层与崧泽文化相当，应归属崧泽文化；第二文化层与马家浜文化相当，应归属马家浜文化。然而，我国已故著名考古学家夏鼐先生曾经提出:“一种文化所特有的一群特征，是别的文化所没有的，这并不是说别的文化遗存中绝对不包含有这一群特征性的类型品种之一二，但是不会包含全部整群”。尹达先生也曾提出:“一个文化的命名应当是能够反映出一定时期，一定地区的某种文化遗存的基本特征，它必须反映着一定的时间观念和空间现象，必须能够概括它各方面的相互关联着的主要内容，然后审慎地选择典型性的遗址，以遗址所在的地名命名”。根据以上关于文化命名的基本原则，结合河姆渡遗址所揭示的文化内涵，四个文化层都是河姆渡文化有机组成部分。
1994年，河姆渡以东1公里处鲞架山遗址的发掘，填补了河姆渡遗址第一、二文化层与第三、四文化层之间的某些缺环，进一步支持了河姆渡一至四层文化是一脉相承的观点。